Si accede al complesso tramite un portale risalente al 1622, che dà su via San Sisto, che prende il nome dalla chiesa stessa. Il portale è a capanna, presenta un frontone interrotto e poggia su due colonne marmoree dotate di capitelli di ordine tuscanico. Nella chiave di volta si trova un mascherone realizzato in ghisa rappresentante un volto leonino.
Il portale permette l'accesso al chiostro triportico realizzato nel 1576. Il portico è rivolto verso la porzione interna del sagrato per mezzo di archi a tutto sesto che appoggiano su esili colonne marmoree dotate di capitelli di ordine ionico. Ognuna delle colonne si basa su di un basso muretto che chiude continuativamente la porzione inferiore del portico, le cui campate sono dotate di volta a crociera.
La facciata della chiesa, compiuta nel 1591, si presenta a vento. Tramite dei cornicioni orizzontali in aggetto si divide in due ordini sovrapposti, mentre sulla sommità si trova una vela di forma rettangolare, al cui interno è presente uno specchio incorniciato da una decorazione in cotto. La vela si esaurisce in un frontone e presenta ai vertici delle erme rappresentanti figure umane. La vela si ricollega all'ordine immediatamente inferiore per mezzo di puntoni curvi ai cui lati sono presenti guglie a forma di piramide.
Sia l'ordine superiore che quello inferiore sono tripartiti: quello superiore lo è per mezzo di lesene scanalate alla cui sommità si trovano mascheroni in pietra, mentre quello inferiore è tripartito tramite semicolonne che poggiano su alti basamenti e sono dotate di capitelli di ordine ionico i quali al loro volta reggono una trabeazione.
Il portale principale, posto in posizione centrale, è di forma rettangolare, realizzato in marmo bianco e presenta sui suoi lati due colonnine basate su ampi piedistalli che sostengono un frontone curvo. All'interno del frontone è presente uno scudo araldico recante la scritta PAX sopra al quale si trova, all'interno di una nicchia, una scultura raffigurante San Sisto. A incorniciare il portale è presente un arco cieco a tutto sesto realizzato in mattoni e con chiave di volta a voluta marmorea. Ai lati del portale maestro sono presenti due ingressi minori, anch'essi realizzati in marmo, inquadrati da colonne di ordine ionico binate le quali sostengono la trabeazione. Il frontone di questi portali è interrotto e è coronato per mezzo di un frontoncino. Sopra a entrambi i portali è presente una mensola che regge una cornice in mattoni.
Inquadrate dalle lesene binate poste ai vertici dell'ordine superiore si trovano, inserite in due nicchie, le sculture raffiguranti San Benedetto e San Germano. Al centro, invece, delimitato dalle lesene centrali, si trova il rosone, dotato di cornice quadrata realizzata in mattone a vista, il cui frontone, interrotto e concluso a volute, presenta al centro una grande mensola in pietra. Le pareti laterali sono caratterizzate dai volumi delle cappelle votive, mentre sul retro spiccano i volumi di abside e transetto, entrambi dotati di grandi finestre di forma rettangolare