Dans le courant de 1476 sur commande de l'abbé Luca Zanachi, le petit cloître fut reconstruit grâce à l'architecte Giovanni Antonio Amadeo. En 1480, l'abbé Zanachi mourut dans des circonstances mystérieuses.
Entre la fin de 1400 et le début de 1500, de nombreux monastères de Pavie ont dû accepter le régime "de la commenda", selon lequel le gouvernement effectif du monastère est séparé de sa propriété.Ce régime a donné une forte impulsion à la vie du monastère. Le marquis Pietro Pallavicini de 'Scipione, abbé commendataire, ecarta les moines corrompus et restructura le monastère à l'usage des frères restants et construisit une deuxième cour à l'est de la première. Il a ensuite promu le financement de la construction de l'arche de San Lanfranco et la reconstruction du presbytère en style Renaissance (terminé vers 1509), pour donner à l'arche elle-même un emplacement approprié.
En octobre 1524, François Ier, roi de France, en train d'assiéger les troupes impériales de l'empereur Charles Quint barricadé à Pavie, choisit d'installer son quartier général dans le monastère. Pendant la bataille de Pavie, le monastère a été le théâtre d'affrontements et a dû subir les dégâts d'un incendie .
cloître
En 1576, le monastère, dont le cardinal Albani était commendataire, fut l'objet de la visite apostolique du Monseigneur bolognais Angelo Peruzzi, au nom de Mgr Ippolito De 'Rossi. Dans le compte rendu de la visite, l'église semble être en bon état.
Au cours du XVIIe siècle, des travaux d'entretien ont été effectués, en particulier l'aile sud du complexe a été démolie, en raison de problèmes d'infiltration des eaux tessinois. Au XVIIIe siècle, une dispute éclate entre les Vallombrosans et le cardinal Zondadari, commendataire de cette epoque, pour définir les charges respectives concernant la restructuration du complexe. En 1782, le procureur et économe adjoint Luigi Poggi fit démolir trois côtés du petit cloître. Peu de temps après, le monastère a été supprimé et ses biens transférés à la confrérie de l'hôpital San Matteo.
En septembre 1783, la paroisse fut créée.